进入第三周目时，玩家已经完成了前两个周目的主线剧情，游戏重心会转向更深入的探索与挑战。第三周目的核心在于解锁隐藏区域、收集稀有精灵以及挑战更高难度的训练师。首先需要确保队伍中至少有一只等级达到70级以上的主力精灵，同时携带具备多种属性攻击技能的精灵以应对不同战斗场景。建议在开始前整理背包，备足恢复类道具和技能机器，特别是秘传技能如冲浪和飞空术，这些是探索新区域的关键。
第三周目的地图会开放部分前两周目无法进入的区域，例如通过特定剧情解锁的岛屿或特殊洞穴。在这些区域中，玩家可以遇到如闪电鸟、急冻鸟等传说精灵，但需注意它们的捕捉难度较高，建议提前准备足够的高级球和状态异常技能。部分隐藏剧情需要与特定NPC对话或完成支线任务触发，例如在紫苑镇灵塔完成净化幽灵系精灵的任务后，才能进入后续的特殊对战设施。
战斗策略在第三周目尤为重要，敌方训练师的精灵等级普遍提升，且会使用更复杂的技能组合。建议培养一支属性互补的队伍，例如搭配龙系、格斗系和超能力系精灵以覆盖多数克制关系。同时注意利用特性加成，例如引火特性免疫火系攻击并增强自身火系技能威力。对于道馆馆主和四天王的再度挑战，需提前研究其阵容变化，部分馆主会更换主力精灵或新增Mega进化形态。
完成全图鉴收集是终极目标之一，可借助全国图鉴功能追踪未捕获的精灵分布。部分精灵需要通过联机交换或特定时间事件才能进化，建议提前规划收集路线。第三周目的通关并不意味着结束，持续优化队伍和挑战自我仍是游戏的长期乐趣所在。
